Maxent

  1. Que hace Maxent y como. Que calcula. Los detalles de esta sección se encuentran en el documento al pie (Las Salidas de  Maxent). Maxent es un algoritmo cuya teoría esta sumamente bien entendida (Elith et al. 2011, Phillips y Dudik, 2008)  y que en la practica ha demostrado dar buenos resultados. Sin embargo es un método que tiende a "abrazar" mucho los datos. Esto es, es mejor para "interpolar" entre puntos de ocurrencia que para predecir áreas no observadas.  Abajo se incluye el documento tutorial de Maxent escrito por su autor, S. Phillips, y otro documento con sugerencias practicas sobre el uso de Maxent.
  2. Que parametros tiene. En la tabla de la derecha se comentan los principales settings de Maxent. 
  3. Salidas. Sentido de Raw y  Logistic.  La salida cruda de Maxent es una medida de similitud de los ambientes en cada pixel a los pixeles donde la especie ha sido observada. Podría considerarse como una aproximación a la distribución potencial. Para cualquier retícula realistamente grande, los valores del raw output de Maxent son muy pequeños (deben sumar a uno sobre todos los elementos de la retícula). En cambio, bajo el supuesto de que se puede asignar un valor conocido de probabilidad de observacion a los pixeles llamados "típicos", se considera que la salida logistica de Maxent es una aproximación a la verdadera probabilidad de presencia. El usuario debe decidir cual es ese valor de probabilidad tipica. Maxent asigna un default de 0.5. No se recomienda cambiarlo. El segundo documento incluido abajo es una explicación mas detallada de las salidas de Maxent.
  4. Maxent y Point Processes. Publicaciones muy recientes muestran matematicamente que Maxent es esencialmente equivalente a un proceso de Poisson Puntual  estimado con los puntos del background adecuadamente ponderados. Sugerimos consultar los articulos de Fithian & Hastie (2012) y Royle et al. (2012) incluidos abajo.
  5. La salida matematica de Maxent. Maxent calcula una probabilidad como una funcion de Gibbs, cuyo exponente es una  froma cuadratica en los "features". Los valores necesarios para calcular la forma cuadratica (esto es la esencia de la salida de Maxent) se encuentran en el archivo de lambdas creado por Maxent (NombreEspecie.lambdas), que es un text file con el valor de la lambda para cada feature (lineal, cuadraticos y cross-products). La explicacion de este archivo (!casi universalmente ignorado!), que repito, es la ESENCIA de Maxent, esta en el texto de Wilson (2009) incluido abajo.
  6. FCF = Frequently Commited Fuckups
    1. Confundir la salida logista con la salida cruda.
    2. Usar la salida cruda desde el valor mas chico.
    3. No saber asignar un umbral para decidir si Y=1. 
    4. Usar como salida la "imagen"( el .jpg) del mapa de Maxent.
  7. Recomendaciones.   
    1. Explorar los efectos de cambiar los defaults.
    2. Usar la salida logistica.
    3. Usar como umbral de probabilidad la mínima de los puntos de ocurrencia (Least Observed Value Threshold).
    4. Aprender a manejar archivos .asc de ArcMap.


La pantalla original de Maxent


 Parametro  Sugerencias para experimentar
 Create response curves  Esta opción es útil para una visualizacion rapida de las formas de las respuestas, pero no son substituto de un analisis detallad por Jacknife. 
 Make pictures of predictions      Provee imágenes de la proyección geográfica de los resultados del modelo.
Do Jacknife to measure variable importance Esta opción es muy útil, ya que permite un análisis de la contribución de cada variable a las características finales del modelo (Peterson y Cohoon, 1999). Las graficas de salida son particularmente informativas.aa
Output format Como se describe en el documento anexo (abajo), la opción de salida logística representa un intento de estimar la probabilidad de presencia en cada pixel, bajo un supuesto simplificador representado por el parámetro llamado "default prevalence", que se asume igual a 0.5. La salida cruda es un estimado de la probabilidad de estar en un pixel x, dado que se observo a la especie. Las salidas crudas y logística tienen una relación monotonica, pero no lineal. La salida acumulativa se usa muy poco.
 Output file type  Se usa generalmente la salida tipo "asc" que puede ser importada por un SIG.
 Auto features  Generalmente se utiliza el default. 






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Jorge Soberon,
16 ago. 2013 15:03
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Jorge Soberon,
18 ene. 2012 8:58
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Enrique Martínez Meyer,
5 feb. 2014 6:38
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Jorge Soberon,
5 mar. 2019 9:52
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Jorge Soberon,
14 jul. 2011 12:40
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Jorge Soberon,
8 dic. 2016 10:38